Az Eötvös Loránd Kutatási Hálózat 2021. március 2-án hozott Irányító Testületi döntésének értelmében, a Bölcsészettudományi Kutatóközpont Szervezeti és Működési Szabályzat Maróth Miklós elnök úr általi jóváhagyásával a BTK Régészeti Intézettől leválasztott Archeogenetikai Laboratórium 2021. március 3-tól új, önálló szervezeti formában működik tovább kutatóközpontunkban Archeogenomikai Intézet néven.
Az intézet vezetője Szécsényi-Nagy Anna, a laboratórium korábbi szakmai vezetője, helyettes igazgatója pedig Mende Balázs Gusztáv, a BTK Régészeti Intézet Bioarcheológiai és Környezetrégészeti Osztály vezetője. Az intézet jelenleg tizenhét munkatárssal működik, a kutatási igényeknek megfelelően fokozatosan bővülő személyi állománnyal. Az új intézet magába foglalja a laboratórium tizenkét munkatársa mellett a Fóthi Erzsébet vezette Molekuláris Antropológia Kutatócsoportot is.
Az Archeogenomikai Intézet a genetikai kutatási területek színes palettájával bír az utóbbi években elnyert NKFIH, TKP, ERC Synergy Grant és egyéb multidiszciplináris pályázatoknak köszönhetően, mely szorosan összekapcsolja az új intézetet a BTK Régészeti Intézetével és Régészettudományi Intézettel bíró egyetemekkel (ELTE, PPKE). A kutatások fókusza az intézet programjainak többségében a Kárpát-medence és a környező területek humán népességeinek populációgenetikai vizsgálata. A csoport munkája során komoly hangsúlyt fektet a legkorszerűbb technológiák és elemzési módszerek használatára, illetve a nemzetközi együttműködésekben való szerepvállalásokra. A genetikai vizsgálatok továbbra is a 2016/2017-ben a HTK K toronyban kialakított korszerű és nagy tisztaságú laboratóriumokban zajlanak, 2020-tól fokozatosan robotizált munkafolyamatokkal bővítve a labor áteresztőképességét.
Az új intézet kutatási és közhasznú feladatai az AGI honlapjának Rólunk rovatában olvashatók.